El 24 de septiembre de 1963, Juan Bosch disfrutaba de una presentación del Ballet Folklórico de México en el campamento 27 de Febrero cuando de repente fue llamado al Palacio Nacional, ya que los jefes de las Fuerzas Armadas querían hablar con él.
Ya en la madrugada del 25 de septiembre, el golpe de Estado se hizo realidad. Los medios anunciaban la destitución de Bosch: “Deponen a Juan Bosch de la Presidencia… Triunvirato asumirá el poder…”. Poco después, fue detenido por los militares.
El exilio de Bosch fue exigido. El golpe era previsible, pues tiempo atrás, mientras Bosch estaba en su residencia del kilómetro 7, el director de Seguridad Nacional le advirtió sobre rumores de conspiraciones en los cuarteles. Bosch intentó contactar al ministro de las Fuerzas Armadas, Víctor Elby Viñas Román, al jefe de la Fuerza Aérea, Atila Luna, y a otros jefes militares, pero no obtuvo respuesta. Según él, ya estaban bajo el control de la misión militar estadounidense. También intentó hablar con el coronel Rafael Tomás Fernández Domínguez, quien llegó a su residencia más tarde esa noche. Bosch le explicó que el golpe era inminente y le pidió que, si ocurría, tomara el Palacio Nacional por asalto, si fuera necesario.
El coronel Fernández Domínguez no estuvo de acuerdo, advirtiendo que la vida de Bosch correría peligro si el Palacio fuera atacado, pero Bosch le respondió que no le importaba, afirmando que, si lo mataban, sería una lección para los militares dominicanos.
Bosch también sospechaba del coronel Elías Wessin y Wessin y deseaba su destitución por actividades conspirativas. Sin embargo, los militares que recibieron la orden de Bosch creían que el verdadero problema era “el avance del comunismo”.
Lo que Bosch no sabía era que, en ese mismo momento, el coronel Fritz Long, agregado militar de la embajada estadounidense, estaba dando órdenes en las oficinas. Aunque no había una fecha exacta para el golpe, la creciente tensión, incluida la convocatoria de protestas por grupos empresariales en septiembre, llevó a los militares a actuar.
Bosch había viajado a México el 13 de septiembre y regresó el 17, cuando ya se organizaban huelgas. Al reunirse con los militares en el Palacio, su insistencia en remover a Wessin y Wessin no fue bien recibida. Los jefes militares consultaron al jefe de aviación, Miguel Atila Luna Pérez. Finalmente, en la madrugada del 25 de septiembre, los coroneles Guaruen Cabrera y Álvarez Albizu informaron a Bosch que no aceptaban los cambios propuestos. A las 4:00 a.m., el golpe se consumó.
El 26 de septiembre, Bosch escribió una carta al pueblo dominicano, publicada antes de su exilio: “Ni vivos ni muertos, ni en el poder ni en la calle, cambiarán nuestra conducta. Siempre nos hemos opuesto y nos opondremos a los privilegios, el robo, la persecución y la tortura. Creemos en la libertad, en la dignidad y en el derecho del pueblo dominicano a una democracia con justicia social”.
El 28 de septiembre, Bosch fue exiliado a Puerto Rico. El 28 de abril de 1965, se pedía su retorno al poder. Cuando Bosch asumió la presidencia el 27 de febrero de 1963, el país vivía un gran entusiasmo, especialmente por sus planes de crear una nueva Constitución, desarrollar obras hidroeléctricas y confiscar los bienes de la familia Trujillo.
Bosch, escritor y fundador del Partido Revolucionario Dominicano (PRD), había ganado las elecciones del 20 de diciembre de 1962 con 619,491 votos frente a los 317,327 obtenidos por Viriato Fiallo. El PRD obtuvo el 58.7% de los votos, mientras que la Unión Cívica Nacional (UCN) obtuvo el 30.1%. Con el tiempo, Bosch acusó a militares apoyados por la embajada estadounidense de organizar el golpe. No culpó a la Iglesia, aunque mencionó que nunca recibió su apoyo durante su mandato. Destacó que su gobierno no fue derrocado por corrupción, sino por las condiciones existentes en Haití, de las cuales no estaba al tanto. La presidencia de Bosch representó el primer gobierno democrático tras la dictadura de Rafael Leonidas Trujillo, que había durado 61 años.
